Historia ya Utafiti wa Kilimo na Mifugo nchini zilianza mwaka 1910 ambapo kazi chache za utafiti zilikua zikifanyika katika Kituo cha Utafiti cha Dunga, chini ya Idara ya Kilimo ambayo kwa wakati huo ikiitwa Idara ya Zaraa. Tafiti zilizoanza kutekelezwa zilihusu mazao ya biashara na mifugo. Mnamo Mwaka 1933, Kituo cha Utafiti cha Kizimbani kilianzishwa ambapo pamoja na kazi nyengine za utafiti kilikuwa na jukumu la kushughulikia maradhi ya mikarafuu.

atika juhudi za kuimarisha kazi za utafiti wa kilimo, Serikali ya Mapinduzi ya Zanzibar mnamo mwaka 2011, ilianzisha Taasisi ya Utafiti wa Kilimo Zanzibar (ZARI) chini ya Sheria Nam. 8 ya mwaka 2012. Taasisi hii ilipewa jukumu la kupanga, kusimamia na kuendesha kazi zote za utafiti wa kilimo, mifugo, maliasili na uvuvi. Hata hivyo, mnamo mwaka 2017 sekta ya mifugo ilienguliwa na kuundwa Taasisi ya Utafiti wa Mifugo Zanzibar (ZALIRI) na baadae mnamo mwaka 2019 sekta ya uvuvi pia ilienguliwa na kuanzishwa Taasisi ya Utafiti wa Uvuvi Zanzibar (ZAFIRI).

Chini ya mabadiliko hayo, kila Taasisi ilitungiwa Sheria yake ambapo Taasisi ya Utafiti wa Mifugo Zanzibar inaongozwa na Sheria Nam. 7 ya mwaka 2020 na Taasisi ya Utafiti wa Kilimo Zanzibar inaongozwa na Sheria Nam. 8 ya mwaka 2020. Serikali ya Mapinduzi ya Zanzibar katika awamu ya nane  chini ya Mheshimiwa Rais Dkt. Hussein Ali Mwinyi iliona upo umuhimu wa kuziunganisha Taasisi mbili: Taasisi ya Utafiti wa Kilimo Zanzibar  na Taasisi ya Utafiti wa Mifugo Zanzibar na kuwa na taasisi moja kubwa na imara inayoongozwa na Sheria Nam. 6 ya Mwaka 2024. Kuunganishwa huko kutapelekea matumizi bora ya miundombinu na wataalamu waliopo katika kufanikisha kazi  za utafiti wa kilimo, mifugo na rasilimali za misitu.